北斗卫星同步时钟系统时间与GPS系统时间一样，也属于原子时系统。它的秒长是由地面主控站，监控站和卫星上所有的原子钟，通过对比测量，得到一个实时运控的时间尺度，并受UTC得到。北斗卫星同步时钟系统起始历元为2006年1月1日协调世界时0时0分0秒为北斗授时系统的原点；北斗卫星同步时钟系统是原子时，不作闰秒调整。累积86400秒为1日，累积604800秒为1个星期。2006年1月1日的0时所在的星期为起始周，不间断累加计数。但是需要特别指出的是，在北斗导航电文播发的各种消息中，对不同用途的消息，所设计的北斗卫星同步时钟系统周数消息的二进制比特位数各不相同，并且是有限的，如周计数消息是13比特，对应的数是0至8191周约158年；因存置消息的“比特位数受限制”所导致翻转重新置零，会使电文消息中的北斗卫星同步时钟数值出现0周和类似GPS的所谓千年虫问题。不过北斗WN电文中出现0周的概率远比GPS小。150年才会有一次。这就是北斗系统导航电文设计时从GPS吸取的经验。北斗卫星同步时钟系统的秒内周期数也是北斗RNSS业务中使用频繁的时间计量单位。在北斗RNSS业务D1,D2卫星导航电文中，每1子帧的第19至26比特和第31至42比特给出的SOW计数值小为0，不超过604800秒，与北斗卫星同步时钟系统的秒对应。它在每星期日0时0分0秒开始周计时。累加递增，经过1周后又返回为零；同时北斗卫星同步时钟系统的星期数也递增1。有时也将星期日的0秒称为该周的参考原点。需要指出的是，北斗导航电文在1超帧结构中有24个主帧，每个主帧又包括5个子帧。